法律分析：
单位以检查名义查询员工银行流水肯定是不合法的，不仅员工可以拒绝，而且银行也会拒绝受理，但特殊情况除外。个人账户银行流水是重要资金交易信息，也是属于公民隐私信息，因此受到了相关法律法规的保护。
但是经济犯罪案件中需要调查银行流水。经侦在立案后，侦查阶段可以查询银行流水。
法律依据：
《中国人民银行关于执行《储蓄管理条例》的若干规定》 第三十九条 为维护储户的利益，凡查询、冻结、扣划个人存款者必须按法律、行规规定办理，任何单位不得擅自查询、冻结和扣划储户的存款。人民、人民、机关和部门等因侦查、起诉、审理案件，需要向储蓄机构查询与案件直接有关的个人存款时，须向储蓄机构提出县级或县级以上、、机关或机关等正式查询公函，并提供存款人的有关线索，如存款人的姓名、储蓄机构名称、存款日期等情况；储蓄机构不能提供原始帐册，只能提供复印件。