轻型、普通型的新冠病毒肺炎患者通过合理的治疗，大部分预后良好，不会出现类似非典后的明显后遗症。
重症或者是危重症患者因为肺部感染严重，肺组织被破坏，在疾病后期会发生肺间质改变和纤维化形成，属于不可逆性改变，患者会出现的肺功能下降，尤其是活动后胸闷、气促感可能比较明显，部分患者因为长时间卧床、进食困难，还容易继发营养不良、骨骼肌肉萎缩等后遗症，需要通过后期的调理和康复训练来改善。
此外，部分患者因为新冠感染导致家庭破碎以及疾病折磨，容易出现心理方面的后遗症，甚至可能产生轻生念头，需要及时进行心理疏导。